Sub-Zero e Sektor são levados a julgamento, mas Havik, em sua versão titã, interrompe o evento ao sequestrar Geras. Sua intenção é espalhar o caos em todas as linhas do tempo. Bi-Han, em um impulso, vai atrás de Havik, formando uma nova aliança entre Scorpion, Cyrax e Sektor. Juntos, eles viajam para a linha do tempo do Kaos para resgatar Geras e Sub-Zero.
Toda a história da expansão se passa nessa dimensão distorcida, governada por Havik, que cria uma espécie de torneio Mortal Kombat à sua imagem para entreter a si mesmo e suas variantes. Nessa nova realidade, encontramos variantes de Johnny Cage, Tanya e Rain, com o foco em Tanya e Rain, que são imperadores desse universo tomado por Havik. A trama nos leva por um labirinto no estilo Jogos Mortais, onde enfrentamos diversas variantes caóticas de personagens do jogo. No entanto, essas variantes punk não adicionam muito à história, servindo apenas para preenchê-la.
Em meio a tudo isso, encontramos uma versão corrompida de Sub-Zero (Noob Saibot), cuja apresentação foi decepcionante comparada a outros vilões da saga. Reintroduzir Noob Saibot parece um desperdício, já que, após anos esperando o retorno de Bi-Han como Sub-Zero, seu destino segue previsível. Noob Saibot é derrotado, Geras é salvo, e todos retornam ao plano terreno. Com a ajuda de Liu Kang, Sub-Zero recupera o controle de sua mente. Enquanto isso, Havik e seu exército de versões corrompidas marcham para o universo de Liu Kang, culminando em uma releitura do capítulo 13 de Mortal Kombat 1, onde vemos Havik tentando fundir os reinos. No fim, Noob derrota Havik, e a DLC se encerra com os Lin Kuei sendo perdoados por Mileena, Liu Kang prometendo curar Sub-Zero, e Cyrax sendo perdoada por Scorpion e se unindo aos Shirai Ryu.